故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
演员：宫下雄也 星野贵纪 木下亚由美 洞内爱 寺崎裕香 浅沼晋太郎 小野友树 蒋里美 金田晶 皆川纯子 平井启二 乃村健次 武虎 小手伸也 加古临王 增田裕生 内藤玲 胜沼纪义 下妻由幸 黑泽刚史 井上优 川本成 高坂笃志 小野坂昌也 宫健一 木村良平 根本正胜 吉田仁美 菅生隆之 落合弘治 相桥爱子 柳原哲也 矢薙直树 楠大典 松风雅也 中川惠里香 伊藤实华 平野贵裕 横田纮一 藤田宪右 大村朋宏 外波山文明 齐藤贵美子 松山鹰志 汤泽幸一郎 木内秀信 细谷佳正 泰勇气 田村淳 田中宏树 土井美加 细见大辅
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演员：石川界人 加隈亚衣 小泽亚李 河西健吾 铃木崚汰 南条爱乃 咲野俊介 寺岛拓笃 堀江瞬 置鲇龙太郎 伊藤健太郎 松风雅也 中村樱 中惠光城 长妻树里 田中贵子 丰田萌绘 高田忧希 饭田里穗 井上雄贵 村田太志 佐藤元 田所阳向 松本忍
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