1991年6月29日（土）に東宝系にて劇場公開作品。TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス号乗組員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映画序盤で断続的に30分ほど続き、作画はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。当初はガイナックスが制作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレビ版で燃え尽きたとして担当せず、プロットとキャラクターデザインを作った段階でガイナックスは予算を使い果たしてなお完成させることができず、残りをグループ・タックが制作した。ガイナックスはプロットとデザインの他、劇中のテレビ版のダイジェストの編集のみを担当。そういったドタバタが災いしてか、映画自体は高い評価は得られなかった。武田康廣の回想録によれば、このときグループ・タックに踏み倒した格好の5000万円が返済されるのは『新世紀エヴァンゲリオン』のヒット以降になる。
演员：中井和哉 保志总一朗 大川透 关智一 森田成一 森川智之 子安武人 立木文彦 石野龙三 中原茂 玄田哲章 朴璐美 桑谷夏子 白鸟哲 置鲇龙太郎 辻谷耕史 能登麻美子 福山润 速水奖 若本规夫 渡边英雄 远藤大辅 德本恭敏 金野润 酒卷光宏 坂卷学 松本忍
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演员：Cyril Mourali Karim M'Riba 西娅姆·阿巴斯 帕特里克·坦西 Rayan Mahjoub Abdelsselem Ben Amar Fatma Ben Khell Thissa d'Avila Bensalah 索菲亚·波多拉 奥利维耶·克拉弗里 Jacques Pater Tayeb Belmihoub Franck-Olivier Bonnet 卡洛斯·查欣 Mohamed Damraoui
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演员：Katharina Thalbach Ulrich Tukur Corinna Harfouch Thomas K?stner Elena Kreil Ulrich Noethen Tomi Ungerer Jean-Yves Chatelais Michel Dodane Lou Dubernat Pierre-Fran?ois Pistorio Frédérique Tirmont
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