柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：中井和哉 保志总一朗 大川透 关智一 森田成一 森川智之 子安武人 立木文彦 石野龙三 中原茂 玄田哲章 朴璐美 桑谷夏子 白鸟哲 置鲇龙太郎 辻谷耕史 能登麻美子 福山润 速水奖 若本规夫 渡边英雄 远藤大辅 德本恭敏 金野润 酒卷光宏 坂卷学 松本忍
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演员：Katharina Thalbach Ulrich Tukur Corinna Harfouch Thomas K?stner Elena Kreil Ulrich Noethen Tomi Ungerer Jean-Yves Chatelais Michel Dodane Lou Dubernat Pierre-Fran?ois Pistorio Frédérique Tirmont
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